В настоящее время расследование по делу об убийстве царской семьи засекречено, что только провоцирует различные дискуссии  относительно подлинности так называемых «екатеринбургских останков». Православные общественники и ученые в июле текущего года в обращении (опубликовано на сайте «Московских ведомостей») потребовали у Следственного комитета и лично его руководителя Бастрыкина сдержать обещание и сделать следствие открытым. Они заявляют о том, что «екатеринбургские останки» не имеют никакого отношения к Романовым. В пользу этого говорят независимые экспертизы, в частности, стоматологическая. Об этом сообщает сайт «Русская планета».

Авторы обращения требуют Следственный комитет рассекретить ход расследования, исследовать все обстоятельства и найти ответы на ряд вопросов. По их мнению, СК занимается изучением неизвестно чьих останков. Общественники и ученые утверждают, что фактически единственным специалистом, который выяснял обстоятельства расправы над венценосной семьей в буквальном смысле по горячим следам, был Николай Соколов — следователь Царской школы. В 1918-1920 годы ему удалось обнаружить обрывки одежды, расколотые ювелирные украшения, пуговицы и обувь вблизи Ганиной Ямы. По его заключению, тела казненных порубили и уничтожили огнем и серной кислотой. Факт сожжения подтверждали и местные жители. «Екатеринбургские останки», в свою очередь, были найдены в 1978 году в Поросенковом логу. Потомки Романовых не готовы принять решение об их признании. Православные общественники  не исключают того, что большевики могли убить каких-то неизвестных людей для того чтобы запутать следы чудовищного злодеяния в отношении Романовых. Позднее эти останки пытались выдать за фрагменты тел царской семьи. Директор Русского культурно-просветительного фонда имени Святого Василия Великого Анна Бойко-Великая в своем комментарии для «Русской планеты» отметила, что СК РФ в настоящее время предпочитает игнорировать вопросы и результаты альтернативных экспертиз (в том числе, стоматологической), которые противоречат официальной версии о подлинности «екатеринбургских останков». По ее словам, нынешним властям-правопреемникам советских неудобны контраргументы общественности, демонстрирующие звериную жестокость большевиков. Как считает Анна Бойко-Великая, расследование нужно сделать открытым и публиковать информацию обо всем, что удастся узнать, — об обстоятельствах убийства, и о его участниках, о заказчиках, целях и возможном ритуальном характере.