Благотворительный фонд «САФМАР», основателем которого является Михаил Гуцериев, помогает строить и реставрировать храмы, монастыри и мечети по всей РФ, участвует в издании духовной и просветительской литературы, реализации культурно-просветительских и социально-значимых проектов. Художественная роспись алтарного помещения храма при Оренбургской духовной семинарии выполнена при поддержке благотворительного фонда «САФМАР».

При семинарии существует домовой храм, являющийся центром семинарской жизни. В нем проводятся богослужения, а также богослужебная практика учащихся духовной школы. Также при храме функционирует воскресная школа для детей.

Семинария занимается реализацией образовательных программ бакалавриата и магистратуры. Здесь осуществляется подготовка профессиональных руководителей (регентов) церковных хоров.

Образовательное учреждение включено в первую рейтинговую группу из 40 вузов РПЦ.